小昭寺始建于唐代，与大昭寺同期建成，7世纪中叶由文成公主督饬藏汉族工匠建造。寺内供奉的释迦牟尼佛为佛陀12岁时之等身像，是文成公主由长安携带进藏，成为西藏最珍贵的历史文物，后移至大昭寺。小昭寺又名上密院，藏语叫“居堆巴扎仓”，属藏传佛教格鲁派密宗最高学府之一。
