大石围天坑在科考中还发现许多稀有动物，象盲鱼、白色毛头鹰、透明虾、中华溪蟹、幽灵蜘蛛等，其中中华溪蟹、幽灵蜘蛛被确认为新物种。最神秘的是在大石围天坑底部发现有两条巨蟒爬行过的痕迹，宽约40厘米，按此推算，这两条蟒蛇之大，可想而知了。
