壹基金是注册在深圳的独立法人组织。理事会由冯仑、李连杰、柳传志、马化腾、马蔚华、马云、牛根生、王石、杨鹏、周其仁、周惟彦11人组成。目前负责运作的执行长是王石。所有善款由招商银行托管，为专用账户。任何组织、个人都不可能私自动用。理事会也会用集体的专业知识，保护善款透明、有效地运用。
