尽管科穆宁王朝时叛乱频发，但对于叛乱的家族成员，皇帝表现出与历代罗马皇帝截然不同的宽恕——后者往往毫不留情的处决叛乱者，而科穆宁王朝皇帝对家族内的叛乱者十分宽容，往往只是软禁、流放、剥夺财产，甚至无罪释放。后来篡位的安德罗尼库斯曾六次叛乱都得到曼努埃尔•科穆宁皇帝的容忍而未被杀。
