2003年4月29日，中央新疆工作协调小组召开第一次会议。中央新疆工作协调小组此前一直由中共中央政法委牵头，组长由中共中央政治局常委、中共中央政法委书记担任，前两任组长分别是罗干和周永康。该小组的常设机构中央新疆工作协调小组办公室也设在中央政法委，办公室主任由中央政法委办公室主任兼任。
